Napisał wraz ze swą córką Anną świetną książkę - "Historia monetarna Polski". - W tysiącletniej historii rzadko kiedy
Polska miała suwerenną walutę - mówił przed kilku laty podczas konferencji w
Krakowie. - Suwerenność waluty wcale nie musi oznaczać siły państwa. Najbardziej suwerenną walutę miała PRL. Kształtowała jej kurs i ilość pieniądza dowolnie, ale efekty były marne - opowiadał.
Publicznie znany był jednak przede wszystkim jako prezes Narodowego Banku Polskiego w przełomowym okresie - w 1991 roku. W NBP pracował od lat 70. Znał bank od podszewki. W 1984 roku został członkiem zarządu. Jego poprzednik na stanowisku prezesa, profesor Władysław Baka był wybitnym ekonomistą, ale także członkiem Biura Politycznego KC PZPR. Po rozwiązaniu PZPR jego dymisja była przesądzona, choć nie było łatwo znaleźć następcę. Kilka osób nie zgodziło się objąć tej funkcji, wiedząc, że łatwo na tym stanowisku wejść na minę. Od wiosny 1989 roku NBP szybko przekształcał się w normalny
bank centralny, a oddziały terenowe zmieniały się w banki komercyjne. Proces ten był tak szybki, że trudno było uniknąć chaosu, tym bardziej że brakowało wykształconych kadr. Wójtowicz po namyśle zgodził się w styczniu 1991 roku objąć funkcję prezesa NBP. Sprawował ją tylko kilka miesięcy. W sierpniu został zatrzymany przez funkcjonariuszy Urzędu Ochrony Państwa na Dworcu Zachodnim w
Warszawie, gdy wracał ze swego rodzinnego Radomia. Zakutego w kajdanki przewieziono go do aresztu śledczego. Oskarżony został o współudział w oszustwach czynionych przez słynną parę Bagsik - Gąsiorowski. Przez cztery i pół roku prokuratura szukała dowodów winy i nie znalazła ich. Sąd jednoznacznie stwierdził niewinność Wójtowicza. Przypadek ten był wielokrotnie przypominany, gdy prokuratorzy, a za nimi media i opinia publiczna, zbyt pospiesznie ferowali wyroki w sprawie innych podejrzanych "w białych kołnierzykach".
Dla Wójtowicza - co zrozumiałe - śledztwo i proces były przeżyciami traumatycznymi. Niechętnie do nich wracał nawet w prywatnych rozmowach. Nie szukał winnych swej krzywdy.
Pewną satysfakcją dla niego była nominacja na członka Rady Polityki Pieniężnej w 1998 roku. Blisko współpracował z Leszkiem Balcerowiczem, gdy w 2001 roku został on szefem NBP. Także po skończeniu kadencji RPP pozostał pracownikiem banku. Choć przez jakiś czas kierował radami nadzorczymi kilku banków, miał naturę naukowca, nie ciągnęło go do prywatnego biznesu.