Jak podaje MCI, każdej ze stron przysługuje jeszcze możliwość wniesienia skargi. Istnieje ryzyko zmiany wyroku sądu, co mogłoby skutkować obowiązkiem zwrotu całości lub części odszkodowania dla skarbu państwa.
Otrzymana wpłata odszkodowania w łącznej kwocie ponad 46,4 mln złotych stanowi przychód spółki podlegający opodatkowaniu. Spółka szacuje, że zaliczka na podatek dochodowy CIT za maj 2011 po odliczeniu strat podatkowych możliwych do odliczenia w MCI wyniesie około 7,1 mln.
W latach 90. JTT na zamówienie Ministerstwa Edukacji Narodowej produkowała komputery dla szkół. Przepisy zwalniały taki sprzęt z podatku VAT, pod warunkiem że pochodził z importu. JTT wysyłało komputery do Czech, po czym odkupywało je z niewielką marżą i sprowadzało do Polski.
Jak Gazeta pisała w artykule:
"Zapłacimy miliony za błąd fiskusa" W grudniu 1999 r. inspektor kontroli skarbowej uznał jednak, że importu nie było, a JTT ma zapłacić od tych transakcji 10,5 mln zł podatku VAT i kar. Konto spółki zostało zablokowane, a prokuratura oskarżyła władze firmy o oszustwo.
W 2003 r. NSA uchylił decyzję fiskusa i nakazał oddać JTT pieniądze z odsetkami. Oczyścił też właścicieli spółki z zarzutów. Rok później JTT dostało zwrot ponad 20 mln zł, ale było dla niej już za późno, bo w tym samym roku firma musiała ogłosić upadłość. Tymczasem na przełomie 1999 i 2000 roku fundusz MCI za 10,2 mln zł kupił 40,38 proc. akcji JTT. Ich wartość - wskutek działań fiskusa - spadła i MCI sprzedał je swojej spółce Technopolis jedynie za 45 tys. zł. Stracił więc na tym ok. 10 mln zł. W 2006 r. MCI złożył więc w sądzie pozew, w którym domagał się od państwa 38,512 mln zł odszkodowania (10 mln zł za straty na wartości akcji, do tego 28,5 mln zł tzw. utraconych zysków, które firma mogła osiągnąć gdyby nie upadek JTT). Proces zaczął się w marcu 2007 r. Reprezentująca skarb państwa Prokuratoria Generalna przekonywała, że do upadku JTT doszło nie z winy fiskusa, lecz z powodu zapaści branży oraz błędnych decyzji inwestycyjnych.